Ustanovljen je bil leta 1880 pod imenom St. Mark's (West Gorton). Leta 1887 se je preimenoval v Ardwick Association Football Club, leta 1894 pa je postal Manchester City. Med letoma 1923 in 2003 je klub igral na stadionu Maine Road, ki je bil ob otvoritvi leta 1923 za stadionom Wembley drugi največji stadion na Otoku s kapaciteto 85,000. Od leta 2003 klub igra na stadionu Etihad
V sezoni 2011-12 je v podaljšku na zadnji tekmi Premier League napadalec Sergio Agüero zadel najpomembnejši gol v novejši zgodovini sinje modrih. Manchester City je zmagal QPR s 3:2 in s tem v zadnjih sekundah sezone izmaknil naslov mestnemu rivalu Manchesterju Unitedu ter po 44 letih ponovno osvojil naslov angleškega državnega prvaka,